Desde que o Governo Federal anunciou a criação das Farmácias Populares onde seriam vendidos remédios por custo inferior aos da rede comercial, os secretários estaduais de Saúde têm se manifestado contrário à medida. Segundo Osmar Terra, secretário da Saúde do Rio Grande do Sul, as Farmácias Populares colocam em risco os artigos 196 e 198 da Constituição Federal que garantem o atendimento integral além do acesso universal e igualitário de todos os brasileiros ao Sistema Único de Saúde (SUS). A interpretação destes e de outros artigos tanto da Constituição quanto da Lei Orgânica da Saúde (lei 8.080 de 1990) não prevêem qualquer pagamento por parte dos usuários. Para Osmar Terra o aspecto instigante é que estas farmácias venderão os remédios básicos que deveriam ser distribuídos gratuitamente pelos municípios conforme determina o SUS. Será difícil aos municípios explicarem como não estão mais distribuindo gratuitamente estes medicamentos agora a venda nas Farmácias Populares. Por tudo isto, em Assembléia realizada pelo Conselho Nacional dos Secretários de Saúde (Conass), foi decidido alertar por escrito ao Ministro da Saúde, Humberto Costa, sobre a proposta das Farmácias Populares do Brasil, capaz de contaminar o Sistema Único de Saúde possibilitando a hipótese de cobrança (ainda que em valores reduzidos) de cirurgias, internações e procedimentos odontológicos. O documento oficial já foi entregue. No momento, os Conselhos Estaduais de Saúde também estão discutindo as Farmácias Populares e apontando sérias restrições.